Mons. Tommaso Caputo è nato ad Afragola (NA) il 17 ottobre 1950. Ha frequentato il Seminario Arcivescovile di Napoli ed ha conseguito la Licenza in Sacra Teologia presso la Facoltà Teologica dell’Italia Meridionale, sezione “San Tommaso d’Aquino” (Napoli).
Ha ricevuto l'ordinazione presbiterale dall'Arcivescovo di Napoli, Cardinale Corrado Ursi, il 10 aprile 1974. Nell'Arcidiocesi di origine ha svolto i compiti di formatore dei seminaristi liceali (1973/1974), di vice-parroco della Parrocchia di San Benedetto all’Arco Mirelli in Napoli (1974/1976) e di insegnante di religione nelle Scuole statali (1973/1976).
Nel'ottobre del 1976, l'Arcivescovo gli chiede la disponibilità a proseguire il ministero sacerdotale a servizio della Santa Sede e lo invia a Roma presso la Pontificia Accademia Ecclesiastica. Contemporaneamente consegue alla Pontificia Università Lateranense il Dottorato in Diritto Canonico. 

Al servizio della Santa Sede dal 25 marzo 1980, ha ricoperto gli incarichi di:

 

Segretario della Nunziatura Apostolica in Rwanda (1980/1984) 
Uditore della Nunziatura Apostolica nelle Filippine (1984/1987)
Consigliere della Nunziatura Apostolica in Venezuela (1987/1989)
Consigliere di Nunziatura presso la Segreteria di Stato, responsabile della segreteria di S.E. Mons. Sostituto (1989/1993).

• Il 19 giugno 1993 Papa Giovanni Paolo II lo ha designato Capo del Protocollo della Segreteria di Stato.
• Il 3 settembre 2007 Sua Santità Benedetto XVI lo ha nominato Nunzio Apostolico in Malta e in Libia, elevandolo alla dignità Arcivescovile ed assegnandogli la sede titolare di Otricoli.
• Ha ricevuto la consacrazione episcopale dal Santo Padre il 29 settembre 2007 nella Basilica Papale di San Pietro in Vaticano.
• Il 10 novembre 2012 Papa Benedetto XVI lo ha nominato Prelato di Pompei e Delegato Pontificio per il Santuario della Beata Maria Vergine del S. Rosario di Pompei.
• Nel settembre 2019 gli viene chiesto di assumere anche l'incarico di Assessore dell'Ordine Equestre del Santo Sepolcro di Gerusalemme.
• Il 5 ottobre 2020 Papa Francesco gli affida ugualmente la responsabilità di Amministratore Apostolico della Diocesi di Caserta, fino alla nomina del nuovo Pastore. 

Conosce il francese, l’inglese e lo spagnolo.